阴道流出咖啡色液体的原因可按以下两种情况讨论。
一、生理现象
若患者处于经期刚结束一两天内，可能会因少量的经血积聚于阴道深处而出现咖啡色液体，这种情况是正常的，一般来说无需进行治疗。
二、病理性现象
1、内分泌失调：服用紧急避孕药等情况可能刺激体内的内分泌系统，引起内分泌失调，进而出现阴道出血，流出咖啡色分泌物。患者日常应保持良好心态，调节好情绪，改善饮食，加强运动。必要时可给予外源激素的替代治疗或补充治疗，比如黄体酮等，或可遵医嘱服用妇科调经片等药物改善症状。
2、妇科疾病，如宫颈息肉、阴道炎等；妇科肿瘤，如子宫肌瘤、子宫内膜癌等，常造成阴道流出咖啡色分泌物。以宫颈息肉为例，患者可表现为白带增多，分泌物可呈现脓性、黄色，或伴有出血等症状。治疗上主要是进行手术切除，如息肉摘除术、宫颈锥切术等，部分较大的息肉在摘除术后，可能还需用电灼、激光等物理方法处理息肉根部。
3、宫外孕也可能导致阴道流出咖啡色分泌物。出血量少，且症状较轻者，一般采用药物治疗或手术治疗。临床用药包括甲氨蝶呤等，手术包括输卵管切除术、保守性手术等。