慢性肠胃炎没有自愈的方法，也不建议患者等待自愈。
慢性肠胃炎是对慢性消化道疾病的模糊统称，包括慢性肠炎和慢性胃炎，对于慢性疾病，均建议患者及时治疗，以免耽误病情。
1、药物治疗：针对具体的病因，可以使用抗生素、肠道益生菌及各类抗炎药物，如奥沙拉嗪、双歧杆菌、黄连素等。针对各类症状，可以通过山莨菪碱、奥美拉唑、西咪替丁、铝碳酸镁制剂、莫沙必利等药物缓解不适、控制病情。
2、中医治疗：经专业医师辨证论治后，可用补益类或清热类方药，辅以艾灸进行治疗。
总的来说，慢性肠胃炎属于民间不规范的通俗叫法，目前临床上暂无该病名称，患者若出现消化道症状应及时就医诊治。