卵圆孔未闭与偏头痛现象可能与矛盾栓塞、化学物质、短暂性缺氧有关。
1、矛盾栓塞：存在于静脉系统或者右心房的栓子可能会通过未闭合卵圆孔通道进入动脉系统，从而引起大脑或者其他部位栓塞，导致局部血流灌注减少，产生一过性的缺氧，触发皮质扩散性抑制机制，引起偏头痛发作。
2、化学物质：5-羟色胺（5-HT）是引起偏头痛发作的重要化学物质。有研究表明，卵圆孔未闭患者大脑动脉血中5-羟色胺的水平会增高，增高的5-羟色胺可以直接刺激血管收缩或者间接诱发血小板聚集而引起偏头痛。
3、短暂性缺氧：卵圆孔未闭的患者在静息或者压力的状态下存在右向左分流，未进行氧合的静脉血进入动脉系统，这会使机体处于一种低氧的状态，而这种低氧状态可以直接触发偏头痛的发生。