直肠溃疡比较难根治，大部分患者会出现反复发作，部分患者可以通过药物治疗达到长期缓解，或通过手术治疗根除，具体治疗需要结合患者的症状和疾病严重程度来决定。
1、药物治疗。直肠溃疡多见于炎症性肠病，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等。治疗上以药物治疗为主，包括口服抗炎药物，如水杨酸、糖皮质激素等，以控制炎症。患者还需要对症治疗，例如针对继发感染者，需要进行抗感染治疗；腹泻严重者，需要使用止泻药物。
2、手术治疗。直肠溃疡严重的情况，例如腹痛、便秘、腹泻、脓血便、里急后重等症状加重，或有穿孔，出血、癌变等并发症时，患者需要及时进行手术切除治疗。
直肠溃疡的病因尚不明确，常与自身免疫、感染等有关。要及时规范治疗，才能取得较好的治疗效果。