40天做B超没有孕囊只有暗区，有可能是孕囊还没有形成，也有可能是发生了生化妊娠。
如果抽血化验，血中的人绒毛膜促性腺激素升高到2000IU/L以上，有可能是因为停经的时间比较短，孕囊还没有形成。这种情况可以在7-10天后复查B超确诊，同时可以监测人绒毛膜促性腺激素的翻倍情况，排除是不是空孕囊。如果抽血化验人绒毛膜促性腺激素水平升高不太多，在1000IU/L左右，就可能是受精卵移植到宫腔后并没有着床，发生了生化妊娠，可以在一周后再次检查血液中的人绒毛膜促性腺激素水平，如果数值下降并且宫腔内还是没有孕囊，就是发生了生化妊娠导致了自然流产。
建议加强产检，如果超过55天还是没有明显的胎芽、心管搏动，那有可能是胚胎停止发育。