女性泌尿系统感染的治疗包括一般治疗和针对诊断进行针对性治疗。
1、一般治疗
急性期注意休息，多饮水，勤排尿。泌尿系统反复感染发作者应积极寻找病因，及时去除诱发因素。
2、针对诊断进行针对性治疗
急性膀胱炎：根据致病菌属，选用合适的抗菌药物。在药敏结果出现前，可选用头孢菌素类、喹诺酮类药物。
肾盂肾炎：轻型者以口服抗生素治疗为主，全身中毒症状重者应静脉给予敏感抗生素，必要时联合用药，应注意是否有肾盂积脓、肾周脓肿等并发症发生。慢性肾盂肾炎治疗的关键是积极寻找并去除易感因素，尽可能纠正和去除患者存在的泌尿系统解剖异常、结石、梗阻和反流等情况。
复杂性泌尿系统感染：因基础疾病的不同，感染的部位、细菌种类和疾病的严重程度不一样，因此需要个体化对待，同时尽量根据尿培养结果选择用药。
无症状性菌尿：目前一般认为无需治疗，但有以下情况需要治疗：妊娠期无症状性菌尿、学龄前儿童、肾移植、尿路梗阻即其他尿路有复杂情况者。
妊娠期泌尿系统感染：建议选用毒性小的抗菌药物。