乙肝疫苗临床常见的副作用多为接种部位红肿，硬结，疼痛，手臂发沉等局部反应以及发热，恶心等全身反应，出现过敏性休克的极少见。
有的属于过敏体质，有的是免疫缺陷，或是预防接种诱发其它疾病。因此在注射乙肝疫苗时应注意询问患者有无过敏史，了解有无家庭过敏史；对有药物过敏史的患者应警惕变态反应的发生；必要时做过敏实验；注射现场应备有急救药品和器材；
疫苗接种完毕后，应让患者在注射室常规观察至少30分钟，防止患者发生过敏性休克，错过抢救时机。乙肝疫苗不仅可以引起一般过敏反应，如一过性低热，局部红晕或者皮疹，严重的还可以引起过敏性休克。