臭氧针治疗腰间盘突出一般没有明显的副作用，特殊情况下可能会出现副作用。
臭氧针是指臭氧髓核消融技术，属于一种微创手术，需要在局麻下用臭氧将腰椎间盘突出患者突出的髓核进行溶解、吸出，从而解除突出物对神经根的压迫，使疼痛等症状得以缓解、消失。而且臭氧不属于药物，一般无明显的毒副作用，加上臭氧针治疗腰椎间盘突出的损伤较小、感染机会少。当患者符合适应症，医师正确进行操作，可有较好的治疗效果，一般不会出现明显的副作用。
但是，若医师的操作不规范可能会引起副作用。如注射过浅，臭氧会发生移散，进入周围神经根、硬膜囊，从而引起损伤，出现局部麻木、僵硬的表现。另外，若在椎间孔镜下进行手术，由于孔镜视野小，对医生的技术要求较高，可能会存在椎间盘摘除不完全的情况，患者病情容易出现复发。