长期吃海藻有以下副作用：
1、甲亢患者长期进食海藻这类含碘食物，可能会刺激自身甲状腺激素分泌过多，甲亢本身是甲状腺激素分泌过多引起的甲状腺毒症，因而会诱发或加重甲亢症状，甲亢患者要慎用高碘的食物。除了海藻外，海带、紫菜等也要少吃或不吃。
2、从海藻性质上来看，其味咸、性寒，所以脾胃虚寒、消化不良的患者长期吃海藻，可能会加重虚寒等问题。
3、孕妇和哺乳期妇女过多食用海藻，其内所富含的碘可随血液循环进入胎儿体内，可能会引起胎儿的甲状腺功能障碍。
此外，海藻还存在配伍禁忌，比如常见的中药材甘草及西药异烟肼都不宜与海藻配伍使用。