正常按医嘱吃幽门螺杆菌的药对身体基本上不会有伤害，如果不遵医嘱，自行擅长服用或过量服用，可能会造成损伤胃黏膜、菌群失衡、加重肝负担等危害，具体分析如下：
1、损伤胃黏膜：治疗幽门螺杆菌的药含有抗生素，常用如奥硝唑、甲硝唑等，会作用于胃肠道粘膜，对黏膜产生刺激，长期服用抗生素会使胃肠道粘膜损伤，导致出现腹痛、恶心、反酸等胃肠道不适症状。
2、菌群失衡：抗生素在灭杀幽门螺杆菌的同时，也会灭杀肠道内的有益菌，导致肠道菌群失衡，菌群生态被破坏，肠道免疫力下降，还会引起消化不良、腹痛腹胀、便秘等症状。
3、加重肝负担：奥美拉唑、雷贝拉唑钠等质子泵抑制剂也是治疗幽门螺杆菌的常用药物，通常需要通过肝脏完成代谢，易加重肝脏负担，长期服用可导致肝功能受损。