半夜和早上咳嗽的原因可能是上呼吸道感染、过敏性咳嗽、支气管炎等引起的。
1、上呼吸道感染：可由受寒、免疫力低下、腺病毒感染、溶血链球菌感染等诱发痰液、鼻涕等分泌物增多。这是由于晚上时迷走神经兴奋，张力比较高，使气道发生痉挛所致。
2、过敏性咳嗽：因长时间接触灰尘、吸入大量冷空气、长期吸烟等，刺激气管、支气管引发半夜和早上咳嗽。
3、支气管炎：由于病毒感染、细菌感染、冷空气、吸烟等，造成支气管黏膜发生炎症，导致气道高反应性。
此外，不排除有咳嗽变异性哮喘、肺炎、咽喉炎、支气管哮喘等原因导致，需要结合检查才能进一步明确病情。