孕早期生化妊娠和自然流产的区别如下：
1、生化妊娠：指精子卵子成功结合成受精卵，但受精卵未在子宫内正确着床，导致妊娠自然终止。发生原因有女性子宫状态和内分泌状态不佳、男性精子质量差、环境不佳、受精卵染色体异常等，患者一般无明显的不适症状，可能表现为月经推迟了一到两天、经血略微增多、下腹轻微疼痛等。
2、自然流产：指受精卵已经在子宫内着床，但由于自然因素，在胚胎未具有生存能力（28周）前终止了妊娠。发生原因有母体感染以及母体患有重大疾病、母体不良生活习惯、染色体异常等，患者主要有阴道出血和下腹疼痛的症状。