一般情况下，宝宝三个月打喷嚏一天好几次可能是由于上呼吸道感染、百日咳等原因引起，通常可以通过改善生活习惯、应用药物等方式进行治疗。
1、上呼吸道感染：如果宝宝营养不良、缺乏维生素或日常护理不当等都可能导致出现上呼吸道感染，一般会伴随着流泪、呼吸不畅、打喷嚏等症状，常用头孢克肟、阿莫西林等药物进行治疗。日常生活中注意经常开窗通风，保持室内的环境卫生。
2、百日咳：百日咳通常是由于百日咳杆菌感染导致的，该病原菌侵入后会附着于呼吸道，导致炎症分泌物难以排出，一般也会伴随着咳嗽、一天打喷嚏好几次等症状。临床上常用罗红霉素、阿奇霉素等药物进行治疗。