宝宝流感高烧40度的最佳处理方法如下：
首先，需要在医生的指导下，给予退烧药进行治疗，常用药物有布洛芬，对乙酰氨基酚片等；还可以使用栓剂治疗，例如双氯芬酸钠栓、对乙酰氨基酚栓等进行退烧。同时使用退热贴或者用温水擦浴，洗温水澡等物理降温的方法辅助退烧。
其次，进行血常规检查，如果是细菌感染所引起的，常用抗生素来进行抗感染治疗，比如阿莫西林克拉维酸钾片、头孢克肟颗粒、头孢丙烯颗粒；如果是病毒感染导致的，常见的抗流感病毒药物有磷酸奥司他韦颗粒、扎那米韦吸入粉雾剂等，同时还可以服用中成药治疗，例如清开灵颗粒、柴黄颗粒等。
另外，让宝宝多喝温开水或者补充补液盐，预防高烧脱水；注意饮食清淡，促进疾病的恢复。