打完HPV疫苗如出现肚子疼，多考虑为药物的不良反应，但通常持续时间不长，症状会逐渐消失，属于正常的疫苗反应。但如果长时间不消退，很可能与疫苗并无直接关系，可能是由于患妇科炎症、饮食不当引起。
由于个人体质不同，注射HPV疫苗后，部分人群可能会出现肚子疼、拉肚子的症状，此时的肚子疼属疫苗不良反应，持续性较短，短时间内会逐渐消失，基本不用做特殊处理。
再打完HPV疫苗后，若肚子疼的症状持续时间较长，多数可以排除疫苗出现的不良反应，可能是由于个人饮食不当或妇科炎症导致，建议及早到医院进行检查。如患有妇科炎症，可在医生指导下采用药物治疗，比如细菌性阴道炎的临床用药包括甲硝唑、克林霉素等；比如念珠菌性阴道炎的临床用药包括咪康唑、克霉唑等。如果是饮食不当引起的胃肠炎，临床用药包括奥美拉唑、盐酸山莨菪碱等。