打完乙肝疫苗后，大部分药物可以正常服用，无需特殊的时间间隔，只有少部分像是免疫抑制剂类的药物或激素类的药物，一般不建议服用。如果由于身体疾病必须要服用这类药物，通常不建议接种乙肝疫苗，但如果已经接种乙肝疫苗，则需要由医生指导暂时停用这类药物，具体停药时间并不一定，多数需要达到3~7天。
日常服用的药物无论是抗感染类的药，像是青霉素、头孢等抗生素，以及抗病毒药物，比如利巴韦林、阿昔洛韦等，或者是针对一些慢性病的治疗的药物，像是降压药，降血糖药物等，都不会影响疫苗的效果，所以可以正常规律服用。
乙肝疫苗主要用于预防乙肝，接种乙肝疫苗期间应注意避免吃刺激性的食物以及避免饮酒。