二线用药的使用程度要比一线用药少，二线用药通常是在一线用药以后使用的，也就是首选治疗药物产生耐药性后可以考虑二线药物，而二线药物在与一线药物相比较中，这类药物的疗效、对细菌产生的影响、安全性中对存在一些局限性。并且在严重疾病中，二线用药中可能会有较大的副作用。
用药的划分：
第一线药物（非限制使用），是临床上最常用和首选药物，一般是指药效较好并且使用频率最高的药物，疗程控制在18个月以内，是生病首选考虑使用的药，它的副作用小，价格低廉，针对性强，有常见的阿莫西林、普鲁卡因、庆大霉素、利福平等药物。抗结核药物有乙酰胺、乙胺丁醇等。
第二线药物(限制使用)，药效比较弱，但是不良反应和副作用大以及价格昂贵，抗菌谱较广，疗效好。青霉素类有氟氯西林、阿洛西林等。抗结核药物有卡那霉素、左氧氟沙星等。
第三线药物（特殊使用），价格比二线用药贵，疗效独特但是副作用较大，如果发生耐药性就会产生严重的后果。有头孢他定、西司他丁、两性霉素B等。