磁共振的工作原理，人的身体的主要成分80%是水，水中的氢原子就是人体内数量最多的物质，每个氢原子都带有一个氢原子核，而磁共振诊断仪能够使某一组织或部位的氢原子核，在强大的磁场空间内产生共振，使原来杂乱无章的氢原子核一起按外磁场方向排列并运动。当立即取消外磁场磁力后，人体内的氢原子会在相同的组织、相同的时间下回到原状态，整个过程通过计算机系统采集这些信号，经过数字重建技术转换成磁共振图像，用来临床诊断。
一、核磁共振的原理
核磁共振是基于原子尺度的量子磁物理性质。具有奇数质子或中子的核子，具有内在的性质：核自旋，自旋角动量。核自旋产生磁矩。NMR观测原子的方法，是将样品置于外加强大的磁场下，现代的仪器通常采用低温超导磁铁。核自旋本身的磁场，在外加磁场下重新排列，大多数核自旋会处于低能态。额外施加电磁场来干涉低能态的核自旋转向高能态，再回到平衡态便会释放出射频，这就是NMR讯号。利用这样的过程，可以进行分子科学的研究，如分子结构，动态等。
二、核磁共振的优缺点
1、优点：核磁共振所显示的解剖结构逼真，使病变组织和正常组织均可清晰显示。具有高的软组织对比分辨力。无骨伪影干扰。不用对比剂即可进行血流成像，其多参数成像便于对照比较、并可获得多方位成像。
2、缺点：对肺部的检查不优于X射线或CT检查，对肝脏、胰腺、肾上腺、前列腺的检查不比CT优越，但费用要高昂。对胃肠道的病变不如内窥镜检查。扫描时间长，空间分辨力不够理想。由于强磁场的原因，核磁共振对诸如体内有磁金属或起搏器的特殊病人却不能适用。