肛瘘手术时间由肛瘘情况而定，肛瘘分为单纯性肛瘘和复杂性肛瘘，单纯性肛瘘需应用肛瘘切开根治手术治疗，手术时间大约10分钟，复杂性肛瘘，需使用肛瘘切开挂线术进行治疗，手术操作较复杂，手术时间也相对较长，大约30分钟到40分钟左右，对于多个瘘管的复杂性肛瘘，瘘管像树根一样，各个方向延伸，因此手术相当复杂，用时也更长。
肛瘘手手术护理
1、肛瘘手术以后一定要注意，以休息为主，适当的活动，尽量的避免强度比较大的活动。
2、如果术后疼痛比较明显，可以口服止痛药，也可以使用药物滴注。
3、一定要注意坚持换药，这样才能够及时的观察手术创面的愈合情况，发现问题及时处理。
4、另外要注意每次排便后，用温水或者花椒水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，预防感染，促进手术创面的愈合。
肛瘘的症状
1、肛瘘的主要症状为肛周反复流液与肿痛。流液包括脓性、血性或者粘液性分泌物。由于分泌物的刺激，会导致肛门部潮湿瘙痒，严重的会形成肛周湿疹。
2、肛瘘外口愈合后，如果瘘管内有急性感染，会感到明显疼痛，严重的可伴有发热、寒战、乏力等全身感染症状，当脓肿穿破外口时，疼痛症状就会缓解。有些高位肛瘘因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，会常有粪便以及气体排出。