对于肛门闭锁这种情况，最好的手术时间是在宝宝出生后两个月之内进行，因为这个时候宝宝的身体已经逐渐趋于稳定，并且病情还不是特别严重，因此这个时候是最佳的手术时机。但是在进行手术之前，家长一定要先给宝宝进行一次全面的身体检查，要是发现宝宝存在不适合手术的情况，那么就千万不能够盲目的进行手术，不然的话是很容易引起手术后并发症的出现，从而就会对宝宝的身体健康形成严重的影响，因此对于这种疾病，家长一定不能够操之过急，不然不但得不到良好的治疗效果，而且还有可能对宝引起更严重的危害。
肛门闭锁手术会导致哪些后遗症
1、首先会出现肠管梗阻，而且大多是低位肠梗阻跟结肠直肠梗阻，宝宝会出现比较明显的哭闹、腹痛以及腹胀的现象，严重的时候还可能会出现肠管穿孔，引起宝宝死亡。
2、其次会引起消化道瘘，比较常见的有直肠会阴瘘、直肠舟状窝瘘、直肠膀胱瘘、直肠阴道瘘以及直肠尿道瘘，上面这几种情况都是要进行手术治疗才行。
3、最后还可能会导致肠壁回缩，有些瘢痕体质的宝宝会在手术的地方形成瘢痕性的狭窄，还可能会引起尿道、阴道等器官的损伤。