咽喉囊肿有可能会自己消失的，囊肿主要是因为腺体的堵塞，导致局部分泌物不能排出所导致的，因此如果囊肿比较小可能就会自行消失。有的囊肿越长越大，当进食后，尤其是硬物会划破囊肿，使得分泌物排出，囊肿也有可能会消失。建议一个月左右复查一次电子喉镜，观察囊肿变化的情况，有些人单纯的囊肿可能是没有症状的，而有些患者就会有比较明显的咽喉异物感，影响生活，这时候可以进行手术切除囊肿，因为囊肿消失的可能性还是比较小的，故仍然需要手术的干预。此外虽然囊肿经过吃硬物，有可能会划破消失，但也不建议刻意的吃硬物，因为囊肿划破以后可能会继发感染。
喉咙囊肿形成的原因
1、先天性；喉咙囊肿形成的原因其一是先天性的，即小孩出生后，会厌先天性发育畸形，使得黏膜下形成小囊，随着发育的过程，小囊也逐渐扩大，里面充满黏液，逐渐形成囊肿，即为先天性会厌囊肿。
2、后天性；喉咙囊肿的形成也有可能是后天性的，即喉慢性炎症、机械刺激和创伤，从而引起会厌黏膜内的黏液腺出现腺管阻塞，腺体内分泌物堆积，而形成后天性会厌囊肿，常见的有潴留囊肿和表皮样囊肿，潴留囊肿比较多见于会厌舌面，表皮样囊肿多见于会厌谷中。