鼻拭子后的不良反应主要有轻微的恶心、干呕等症状，或者医生操作不当、患者紧张可能会出现鼻黏膜轻微的损伤等。
鼻拭子是用采集工具采集人体鼻腔或鼻咽处的上皮细胞，检查患者是否患病。由于检测时用棉签插入得比较深，如果医生操作不当或患者在取样时过于紧张，可能会导致拭子对患者鼻腔黏膜造成一定的损伤，而对于鼻腔内部黏膜的敏感度较高的患者，棉签进入可能会出现排异反应，即轻微的恶心、干呕等症状。这都是正常的，该类不良反应以及损伤对人体伤害比较微小，一般不需要进行特殊治疗。
患者在进行鼻拭子检测时，需要注意避免使用消毒药物漱口，同时避免抽烟、喝酒，以免影响检查结果的准确性。