打完乙肝疫苗晚上发烧39度可能是注射疫苗引起的一过性发热，也可能是其他疾病引起的发热，比如受凉感冒等导致的体温升高。
一般情况下，患者打完乙肝疫苗后，疫苗在体内攻击免疫系统会产生一个免疫过程，使体内产生对应的抗体。这个过程中，部分人会出现一过性的不良反应，比如引起身体出现免疫性发烧，一般是正常的，无需特殊处理，必要时可遵医嘱给予退热药物，常用药物包括布洛芬、对乙酰氨基酚等，注意多喝水。
但是，若患者在打完乙肝疫苗后，由于抵抗力下降而受凉感冒，也可引起身体出现发烧症状，导致体温升高到39度。患者一般需进行降温处理，可采用温水擦拭、冷毛巾湿敷等物理降温措施，并在医生指导下应用退热药物治疗，常用药物包括布洛芬、对乙酰氨基酚等。
引起打完乙肝疫苗晚上发烧39度的原因还有很多，如肺炎、肺结核等疾病，需要进行鉴别。