怀孕四十天超声检查已经有孕囊，盆腔内有积液考虑是怀孕早期生理性盆腔积液。如果在怀孕40天左右发现盆腔有积液多是因为盆腔是腹腔在全身最低的部位，当有渗出液或漏出液时都会引流到盆腔，从而形成盆腔积液。生理性的盆腔积液会自行吸收，但是少量积液说明宫内炎症，一般问题不太大，也不排除是先兆流产的流血。。
如果无腹痛症状的，可以暂时不做诊断和治疗。如果是准备继续妊娠的，注意从十二周开始做定期孕检即可。 如果确实同时有腹痛的，可以根据病情在临床医生指导下对附件炎进行治疗。用药选择要注意避免孕妇禁用药物。
在正常情况下，一般小于3cm的盆腔积液、且无任何临床表现则考虑为生理性积液，单纯的生理性盆腔积液一般可以自行吸收，不必治疗，不会对怀孕造成影响。而病理性的盆腔积液往往会并发输卵管堵塞不通、子宫内膜炎等病症，从而对生育造成威胁，导致不孕或流产的发生。若已经确诊患有病理性盆腔积液且打算生育的话，建议好尽早治疗，达到痊愈目的后再考虑生育。