马寅初于1882年出生在一个以酿酒为业的小作坊主家庭，前店后坊的马家，生意十分红火。父亲见五个儿子中，寅初最为聪明伶俐，有心让他继承父业，想先让他学会酒店管帐，再继承家业，因而只让他读私塾，无意让他继续求学。马寅初不喜欢私塾的四书五经，向往城里的新学堂，对父亲让他学习管帐非常不满。常常以怠学怠工以示反抗，为此多次遭到父亲打骂。有一次，父亲郑重地与他谈话，马寅初抢先表示出自己要到城里读书的态度，父亲坚决不让。父子双方都不示弱，争执了很久，马寅初也饱受皮肉之苦，他见求学无望，一气之下跑到镇外，一头扎进了黄泽江，幸亏被人救起。
马寅初为求学而以死抗争，虽险遭不测，竟也因祸得福。原来，恰在此时，父亲的老友张降生来马家访友。得知此事，觉得马寅初有志气，说服了马寅初的父亲，由他带马寅初到上海读书。从此竟改变了马寅初的一生。
马寅初早年加入了中国同盟会，1905年考入天津北洋大学选学矿冶专业。1906年，他赴美国留学,三年后获得耶鲁大学经济学学士学位。1909年他又向位于纽约市的哥伦比亚大学申请攻读硕士学位。入哥伦比亚大学研究院后，先是领取国内发给的公费，后来国内政局发生变化，公费停发，他半工半读以维持生活和费用。在哥伦比亚大学时他师从著名经济学家赛利格曼（Saligman）教授。赛利格曼教授对马寅初先生的人格品德、刻苦攻读、成绩优异，十分赞赏。在马寅初经济最困难的时期，曾经伸出援助之手对他进行资助，使他免于中途辍学。1911年，马寅初在哥伦比亚大学通过题为《中国的公共收入》（PublicRevenuesinChina）的硕士论文，取得文学硕士学位。在博士论文选题上，他不走捷径，选择了较难的《纽约市的财政》作为博士论文题目。论文收集了充分的资料，经过统计分析，论述了纽约市财政预算的编制、筹集、监督等方法，以及纽约市财政体制的优劣等问题。1914年8月5日他的博士论文经答辩通过，取得哥伦比亚大学政治学院的哲学博士学位。该论文在纽约出版，并成为哥伦比亚大学本科一年级的教学参考材料。
1916年，马寅初拒绝了导师的盛情挽留，回到祖国。归国以后，马寅初先在北洋政府任职，但由于忍受不了官场习俗，欣然接受蔡元培邀请，前往北大任教，成为经济学教授，主讲银行学、货币学、保险学等课程。1919年出任北大第一任教务长，并参加了五四运动。“五四”运动后，蔡元培校长为抗议北洋政府镇压学生运动，愤而辞去北大校长职务。马寅初先生同其他教授们联合到教育到教育部请愿，表示如果蔡校长不回校，北大教员“即一总辞职”；他在任北大教务长时，贯彻蔡元培校长的整顿和改革的措施，废门改系、废科改院，全校共分三个院十四个系，使北大向新型综合性大学的方向转变。
20年代后期，他曾在浙江财务学校任教并任浙江省省府委员。1928年南京国民政府成立，他身兼立法院财政、经济两个委员会的委员长，以及南京中央大学、陆军大学和上海交通大学的教授。在那段时期他主持制订了经济法律，如票据法、交易所法、公司法、土地法、商标法、营业税法、银行法、商业登记法、保险法等，并发表多篇论文，阐明各种立法的意义、原则、程序等，在我国经济立法史上具有重要的意义。对于当时财经法案的审议，无论在大会上和审查会上，他都是站在国家和人民利益的立场上，力陈利害得失，据理力争，不管当时的财政部长是宋子文还是孔祥熙，他都不为这些炙手可热的权贵力量所屈服。
抗日战争期间，马寅初担任了重庆大学教授兼商学院院长。此时的他虽受高校和政府优职聘用，却愤于社会黑暗，在抗战中的陪都重庆公开讲演痛骂四大家族发国难财，挣的是“猪狗畜生钱”，并屡屡抨击国民党政府的内外政策，还在一次演讲中直斥蒋介石，其痛快淋漓在全国脍炙人口。此刻的马寅初志在争取人民生存和基本的民主权利。
在软硬兼施，均不奏效以后，蒋介石于1940年12月6日派兵闯入重庆大学，将马寅初先生逮捕，受到长期关押和监禁。中央通讯社发出了一则伪造的消息，妄图欺骗群众。这则假新闻说：“立法委员马寅初，奉命派赴前方研究战区经济状况，业已首途。”重庆大学师生多方进行营救而没有成功。马先生被幽禁在贵州息烽军统集中营的山沟里，后来又转移到别处继续关押。1941年马老六十大寿时，重庆各界进步人士齐集重庆大学为他庆祝六十大寿辰。祝寿会，寿星在押，无法到场，是一个奇特的没有寿星的祝寿会。周恩来、董必武、邓颖超同志联合送上寿联。上联“桃李增华，坐帐无鹤”指马老未能出席祝寿会；下联“琴书作伴，支床有龟”指马老在狱中的情况。新华日报社送了一副对联，文曰“不屈不淫徵气性，敢言敢怒见精神”，赞扬他大义凛然、刚直不阿的高尚节操。蒋介石获悉群众竟敢为狱中的马老举行盛大祝寿会，甚为震怒。
抗战胜利后马寅初恢复自由，他出任中华工商专科职业学校教授，并一马当先地投身于爱国民主运动。建国后，历任中央人民政府委员兼政务院财经委员会副主任委员，华东军政委员会副主席，浙江大学、北京大学校长，中国科学院哲学社会科学部委员，全国人大第一、二届常委会委员、政协第一、二、三、四届全国委员会委员（第二、四届常务委员会委员）、中科院哲学社会科学院学部委员等职。
1951年，任北大校长时期的马寅初
早在50年代初,马寅初就注意并开始研究中国人口增长过快的实际问题，并提出了以节制生育、提高人口质量为中心的“新人口论”，为我国人口科学的发展以及解决我国人口问题的实践做出了历史性的贡献。在《新人口论》中，他系统地论述了中国的人口问题，提出了“我国人口增长过快”的命题，认为1953～1957年的中国人口很可能已超过1953年人口普查得出的年增殖率为20‰的结果。如果按1953年统计的20‰的增殖率估算，“三十年后同实际的人口数字一比，就会差之毫厘而失之千里了”。并分别从加速积累资金、提高科学技术、提高劳动生产率和人民的物质文化水平以及增加工业原料等方面,对控制人口的必要性、迫切性进行了论述。