使中医学完成以生命科学为主体医疗模式的方法论转向，在当代同样存在着应首先解决的是生命科学研究中的哲学问题和对基本理论模式的推定问题。
包括中医学在内的生命科学，是中国古代文化中的瑰宝，其在先秦文化中，就已经成熟并被包容于儒学和道学之中。生成于中国文化中的这种生命科学形式，因有其相应的哲学为基础，所以不能以西方的科学理论和科学规律进行界定或者类推。笔者在研究中，根据形而中论的哲学原理，把以生命科学为代表形式的中国科学以其本质性界定为形上性科学，把以声光电化为代表形式的西方科学以其本质性界定为形下性科学，从科学的基本性上解决了这一研究领域存在的问题（例如“李约瑟问题”等）。具体推论请参考拙作《追寻中国科学精神》一书。
我们知道，中国当代的生命科学研究由“气功热”所引发，由于没有相应的基础理论之准备，所以，生命科学的基础理论研究的滞后始终成为制约研究中的问题。这些问题表现出当代文化模式与“气功”文化的母体──中国文化的非统一性，尤其是其中的哲学问题成为问题中的问题。因此，对这些问题的反思将推动哲学、文化与科学的进步。对生命科学的哲学问题的思考，不但使人类文化的本质性和科学的本质性问题得以澄清，而且使哲学在这一过程中带来自身的革命，哲学将在对存在本体的新认识中突破旧的模式，将在对人类终极关怀中建立人类的哲学。而且，只有在这一哲学理路中，使生命科学的本体论问题得到化解，从而推动生命科学的研究。在这一过程中将推定人类存在的本质性，使人类的文化在存在的本体性形式上解决终极关怀问题。
所以，深入探索生命科学研究中的基础理论问题，使当代以来产生的“气功热”向健康的方向上发展及对社会产生积极的影响，是这一工作中的极其重要的组成部分。由于人的存在的终极关怀问题是人的思想和行为的价值主体（生命是一切其他价值所推定的主体），加之中国社会从八十年代以来开始了稳定、健康和政治宽松的进步时期，人们的价值主体意识在一定的程度上被社会政治意识形态所认同。在这种社会氛围中，人们开始有条件以价值主体出发关怀自身的存在问题，开始有条件选择医疗保健措施，以达到增强身体健康和延长生命之目的。基于自身的医疗经验，普遍的共识认为常规的西方医学的方法不能在最基本的价值本体的意义上达到上述目标。因此，从中国古代社会就产生的，被先秦儒学和道学及两汉以后的道教已经证明的行之有效的“气功”修炼方法，就成为人们选择的强身健体的锻练方法。但是，由于当代人们的思维方式、语言内涵与古代大不相同，加之当代人的社会存在形式与古代（产生“气功”的）自在形式相差悬殊，更加之当代人们习惯于用西方的科学方法和科学主义的价值观评介气功修炼，这就形成了一系列的理论问题，尤其是其中的基础理论问题。由于古代“气功”流派众多，各执其一，良莠参杂，令人难辨真伪。问题表明，当代的“气功”热始于社会自发性，而不是出于中国文化和哲学的理性。出于实用的心态，这使生命科学的研究相对被动，因此表现出基础理论研究的薄弱。由此可知，在生命科学研究中进行基础理论方面的研究，以确定“气功”功理功法的普遍意义，使人的价值本体在正确的方法论中达到自在，是当前生命科学研究中的重要工作。而这一工作，也只有人类社会发展到今天，在具备了可供反思的人类学、社会学、政治学、生理学、医学及科学学等成熟的具有外在价值的理论和实践的基础上，人类的认识在确立了价值主体并证明其是唯一最高的价值时才有可能完成。
从哲学而言，在当代的文化模式中发生的“气功热”，实质上是当代主流文化观的“异化”，因为无论从何种意义而言，以“气功”为形式表现出的中国文化的本质性与当代的主流文化观是不兼容的。这实际生成了下面的悖论──以中国现代主流文化的西方哲学思维推定中国古老的“气功”。所以，这些主流哲学和文化观念上的问题，在实践中成为练功者的心里障碍，练功者需具备的无私、无为等心里素质，与当代的价值取向（尤其是商品经济的价值观）显然是相悖的。因此，对气功修炼者的文化心里素质的研究表明，社会上产生的广泛的群众性的气功热，存在着文化上的障碍，存在着基础理论的困难，存在着哲学认识论的问题。这些，也是存在于生命科学研究者中的问题。“气功热”以来产生的问题表明，由于在研究中缺少对中国传统哲学文化方面的基础性研究，因此发生了所谓的反对伪科学的问题，当然，以伪科学贯之于这些问题显然出于科学主义的价值观，尽管能说明批评者的心态，但是，由于这种批评不具备本体论意义，因此终非正确，而其中所反映出的哲学和文化价值观问题对批判者和被批判者都是具有同一性的问题。对于用反对伪科学为武器的批判者而言，把孩子和脏水一同倒掉（例如于光远、何柞庥、司马南等人出于意识形态的价值承诺而不是出于理性的承诺而进行的批判）。对于被批判者而言，由于缺少文化的主体意识或出于某种目的，把脏水叫孩子喝掉（例如有的气功门派声称不二法门，修者必需将原来所习所修的知识及书籍等忘掉和烧毁等，这种做法不但有违于文化发展的规律，同时也造成人的文化道德修养的失落）。试问，没有文化能有今天的文化架构从而能使人们认识气功吗？这些就不是用所谓反对伪科学能解决的问题，因为用西方的形下性的科学承诺真理并批判中国形上性的生命科学，由于形下性和形上性的不同，实质上因其不能自圆其说而处于两难困境。反对伪科学和把气功称为科学由于同样不知其形上性和形下性的区别，这将使人们的认识陷入严重的误区。这些乃是非理性的行为，发展下去，这是对文化的反动，是对生命科学研究及文化理性的扼杀。因此，“气功”修炼的文化学、人类学意义及其哲学基础理论和科学的形上性和形下性的不同形式问题，应引起生命科学研究者的极大重视。
目前生命科学研究的方法论表明，仅仅以西方自然科学的方法研究人体的某些“气功”作用下的物理现象以作出某种科学的解释显然是不够的，更主要的基础性的工作即哲学和文化的研究还没有在应有的层次上展开，这使得理论上的混乱和造成研究中的困难就不可避免。这一问题，从一些当前发行的气功杂志和理论刊物的论点中略见一斑。因此，应在当前的生命科学研究中重视基础理论方面的研究，尤其重视生命科学的哲学和文化问题，在解决了上述的基础理论问题之后，生命科学研究才会深入和健康的发展。而这一进程表明，人类社会发展到当代，由于价值主体的反思和被重新确立，将使西方自然科学的模式由形下性转化为形上性，在中国生命科学对终极关怀的承诺中，使生命科学研究具有人和社会存在形式的必然统一性。
当代的生命科学研究表明，由于哲学思维自在于研究中的作用，并由于有相当多的研究者的哲学思维束缚于西方哲学的模式，使生命科学的研究因哲学思维方式上的问题，出现了一些误解和争论，没有产生突破性的研究成果。黑格尔认为：“既然文化上的区别一般地基于思想范畴的区别，则哲学上的区别则更是基于思想范畴的区别”（黑格尔：《哲学史讲演录》商务印书馆1959年9月新1版第1卷第47页）因此，如果说以形下性的西方科学的模式承诺并生成了西方的医学体系，这由其哲学的统一性所决定，那么，形上性的中国生命科学也只能是中国哲学生成的科学形式。所以，如果不是出自于理性，而是以几十年来养成的西化的思维定势、那种被异化的文化价值观及其对意识形态上的承诺，因此以西化的概念和范畴作为坐标系进行中国的生命科学研究，那么，显然由于中国生命科学研究的形上性，其概念范畴在两种科学形式及本质上的非统一性，将造成理解中国生命科学的严重误区。
我们看到，当代的生命科学研究始于“特异功能”、“气功”等现象的出现，研究方向是基于人的内在性的自我操作所产生的人体效应以对生命的重要作用作出科学的阐释。但是，这一阐释的形式虽然借鉴于西方科学，由于生命科学的对象及实验的主体是修炼者自我的感觉经验，表现出科学的形上性；而西方科学是物理性的实在形式，表现为形下性，使之形下性科学的物理形式与经验感觉的形上性不具有完备同一的对应性成为科学模式上的困难。因此，对人体的完备的物理测量，尤其是“气功”作用下的人体效应，是形下性的科学模式和技术水平所无法达到的。从哲学角度而言，由于研究对象的操作形式产生于自在的哲学思维方式（道学、儒学、医学），不同于西方科学的哲学思维，所以，中国生命科学的研究实质上是超越西方科学形式的研究方法。之所以借鉴科学，仅仅是寻求以西方自然科学已然成功的物理形式作为认识论的参照系。但是，对人体自在的内在性、对生命的可操作性（我命在我而不在天）之效应（例如大、小周天）的形上性的普遍原理的认识，由于西方自然科学并不具有本体论的自在性，所以将对形上性的生命科学的推定显得无能为力。因此，只有在明确区分形上性和形下性科学的不同从而推定正确的研究方法，以此进行生命科学研究并最终建立形上性的科学模式，才是正确的研究方向。
把生命科学研究的自在性放到其历史和逻辑的过程中反思，能进一步理解中国古代生命科学不同于西方自然科学的本质性。任何科学的产生都有其自在的本体论支持，例如西方的科学产生于古希腊的哲学。然而，所谓的生命科学研究的对象却是早在几千年前产生于中国的古代哲学文化中的中医学及儒学和道学之中，如上所论，生成其形上性生命科学的哲学是与西方哲学截然不同的形而中论。显然，关于人的存在，无论中国哲学的形而中论还是具体的生命科学形式，也无论是其表现在历史中的和逻辑中的统一性，都不同于西方的哲学和形下性的自然科学体系，所以，不能以西方哲学和形下性科学的方法对中国的生命科学形式进行简单的推定。
显然，不能以西方的哲学和自然科学的模式推定生命科学研究的终极价值，因为人类已经有了相当长的和丰富的社会历史来了解人类的过去，而这一了解并不再是个体的经验，而是知识的积淀，人类已经终于在普遍意义上发现对终极关怀问题的解决绝不是任何物质性的满足所能达到的，也不是西方的科学形式所能完成的，而必须寻求其它的道路。正是在这样一种只有在当代才能引起普遍性共识的文化氛围中，当代的“气功热”和生命科学研究才成为可能。如上所述，西方科学是十足的形而下的产物，而中国古代的生命科学研究和修炼实践却是形而上的产物，所以，西方的形而下与中国的形而上的哲学和科学的融通，是当代生命科学研究中的潜在的哲学困难之一。
事实表明，以西方哲学和科学模式对生命科学的研究方法，已在生命科学的本体论承诺中发生了认识论问题，因为把人的存在作为纯物质性存在因而用物质实验的方法以证明例如外气、内气等效应性问题的研究，实质上是用科学形式对人体科学研究在形式上的限定。应当认为，在相关的物质能量转换的层次上利用科学形式鉴别人体的物理效应，在形式上是有效的。但是，对产生这些物理能量效应的本体上的操作方式和其本质性的研究，尤其是自在于存在者之中的意识自为所产生的形上性的生命科学作用，当代自然科学以物理性和实在性形式所进行的研究，由于其被时空的参照系所限定，将是相当困难的，甚至是无能为力的。生命科学研究将表明，当代的生命科学研究不具有与历史上其他部类的科学研究相同形式的研究，其应当是哲学和科学的整合──以新的科学模式并在其中进行的研究和推定。
对于科学研究中的认识论问题，爱因斯坦曾指出：“即使是有勇敢精神和敏锐本能的学者，也可以因为哲学上的偏见而妨碍他们对事实作出正确解释。这种偏见──至今还没有灭绝──就在于相信毋须有自由的概念构造，事实本身就能够而且应该为我们提供科学知识。这种误解之所以可能，只是因为人们不容易认识到，经过验证和长期使用而显得似乎同经验材料直接相联系的那些概念，其实都是自由选择出来的”（《爱因斯坦文集》第1卷，第22页）。爱因斯坦指出的问题，有普遍性的意义，在当代的生命科学研究中显得更为重要：由于物理科学模式与生命科学效应的能量转换的时空非统一性困难，此时，以形下性的科学模式对形上性的生命科学现象的解释，不但显的牵强附会，而且不利于生命科学的本质性研究。所以，哲学思维的僵化，是其根本问题。尽管已有学者指出，生命科学的研究将带动科学革命，实现科学模式的内向性转化（见辛立洲:《二十一世纪的明珠──中国文化简论》天津人民出版社，1994年4月第1版）。但并没有引起生命科学研究者的广泛注意。我们看到，在目前的生命科学研究中，由于物理科学模式运用于生命科学研究由形下性向形上性转化模式上的困难，把人体气功效应中的不能被形下科学所推定的现象称为异端邪说、封建迷信等时而有之。更有甚者，以“气功”现象与形下性的科学原理的相悖为理由而加以否定。之所以产生这些认识，除却意识形态方面的原因而外（因不是学术问题，故不在本文的讨论之内），都是自觉和不自觉的陷入了哲学上的误区而形成的。因此，应当了解形下性科学的本质性。任何形下性的科学，都是主体对客体进行的模式上的转换，使客体能够以被感知的形式进行观察和理解，进而重构概念和理论系统。由于时空的形式化，模式转换的时空限定性成为形下性科学中的困难问题。在形下性的科学研究中，为突破时空限定性，测试仪器被不断改进，数学──时空形式化的基本工具不断被新的数论所取代，使主体对存在的认识向深层发展。但是，形下性科学模式的时空转换问题却始终成为制约人的认识的基本问题。自相对论问世之后，时空被引进认识论领域，但是，时空的基本问题，例如时空在物理效应的模式中的作用、观测仪器的时空效应等问题，没有引起研究者的注意，而生命科学研究最具本体性的问题则是在科学效应的形上性与人体效应的时空模式的非对应性之中。对于这一形上性科学的本质性问题能否引起研究者的注意并在实践中加以解决，是当代生命科学研究能否真正的称其为科学的本质性关键问题。
当代生命科学研究所发现的哲学问题表明，不能在生命科学的研究中把西方科学和哲学方法论作为完备的坐标系。对科学的认识应消解这样的一个误区，即：科学是认识世界的工具，工具本身不能成为世界的代表，科学是认识真理的工具，而工具本身并不能代表或取代真理。
就西方自然科学原理的本质性而言，是思维以范畴的模式化产生的对客体的物理性建构。由于其具有物理的外在的物质性，所以，到目前为止，还没有发现科学的范畴和模式能与人体的练功效应完备的对应性，以所谓的科学仪器的模式所进行的对人体效应的观测，则由于能量和时空转换的困难，使对其所进行的解释多有牵强之处。这些表明，以气功修炼所进行的经验形式和科学形式之间需要一种转换的模式，而这一模式的转换在西方的自然科学体系内是不能完成的。所以，西方的自然科学体系并不能对人体的练功效应给以终极价值的推定。
这样，将出现下述的困难：既不能把形下性科学的形式用于生命科学研究，又要对中国的“气功”修炼的形上性方式给出科学形式上的证明。解决这一困难的方法只能是在认识论的层次上给以界定，使人体的相关研究于科学的模式中在一定的层次上以模式的转换方式为科学所包容，从而把科学形式区分为形上性和形下性。以人体“气功”效应的自为性而言，如果以形下性的科学仪器对人体效应作测定，对“外气”尚可以某种物理效应或以物理实在进行解释，但对于“内气”，以物理效应或物理实在进行解释，就成为问题。例如，在修炼道家内丹功的过程中，身体中的内气根据其练功的层次的不同，感觉到的内气“质量”大不一样，所循走的经络也不尽相同，小周天，大周天，玉液还丹，金液还丹等层次均具有不同的感觉和能量形式（如：热感、凉感、气重气清、有汗无汗等等）。又如，内气以时间的不同而循行于一定的经络（例如子时为复气在尾闾穴），这一循行过程无论对任何人都一样，是一个自然的过程，然而，对经络的认识用形下性的科学模式进行的推定已经非常困难，对这一过程的的可操作性的测定与对受试者的主体感觉进行定性的形下性的科学模式化就更困难。由于人是受试的主体，而人体的气功效应是主体的操作性，并不具有形下性的科学仪器对人体干涉的决定性。所以，对于形下性科学的阐释而言，西方科学的形式并不具有唯一性，因为生命科学的研究存在着模式化的定性与主体的感觉同一性的困难问题。这一点使我们回到休谟哲学。
休谟哲学表明，对于人的主体性认识，主体的所有认识都不能提供可靠的与存在的同一证明，所以，主体的所有的认识并不具有本体论意义。对休谟问题的哲学反思，使休谟的怀疑论哲学推进了西方认识论哲学的发展。但到目前为止，西方的后现代主义以海德格尔哲学为代表形式仍然俳徊于休谟的问题之中。由于在形下性的科学哲学中存在这样的问题，所以，企图以形下性的科学形式阐解人体的“气功”效应，就必然遇到的上述的不可克服的本体论和认识论困难。
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