中国科大党委书记郭传杰记得很清楚，2003年5月28日自己刚从北京到合肥履职的第一天，科大的民主校风就扑面而来。
这天上午，中科院院长路甬祥、中组部和安徽省委负责同志到中国科大宣布这届班子的主要人选。中午，郭传杰就在校园网BBS上看到两条意见。其中一条意见是提给路甬祥院长的。身为全国人大常委会副委员长，尽管路甬祥本人不愿意警车跟随，但是有关部门根据安全保卫规定派了警车引路。学生们在BBS上提出强烈批评：这里是校园。学校为此与有关部门沟通，并达成一致，今后，凡有国家领导来科大视察，警车在校园里不再鸣笛。
郭传杰非常喜欢这种氛围。中国科大到现在也没有教工食堂，所有人都在学生食堂进餐。郭传杰在排队或用餐的时候，同学们对学校的意见无论是大事小事，都是当面就提。“民主办学，是科大优良传统之一。大学是培养高级人才的地方，是追求真理，创造知识的所在。如果只惟书，惟上，搞一言堂，那就不是大学。”他说。
这种氛围在中国科大的文化中还有另外一个体现，就是官本位没有市场。2004年科大进行机构改革，机关有48个处级岗位公开竞聘，根本没有出现一些地方几十人争一个处长的“火爆”场面，既没有不符合条件的人跟着瞎起哄，主动参加竞聘答辩的人心态也很坦然：不行就当是一次练习。
中国科大党委常务副书记许武说，在科大，“当官”做管理就意味着奉献，意味着服务，意味着辛苦，意味着可能失去单纯当教授做研究的自由和清闲，而所谓的“好处”，却没有什么，甚至收入更少。从建校以来，学校的传统就是强调教学科研，强调学术。
这种民主更是同样体现在对学术的追求中。在科大的创办者中，不乏钱学森、华罗庚、严济慈等学术权威。但是这些大师本来就开明，提携后学，不压新人。
科大迁到合肥后，青壮年教师挑起学术大梁。这批青年教师敢说、敢想、敢干，同时也把这种风气传给了学生。科大地球与空间学院孙立广教授还记得1977年恢复高考后，饱尝“*”10年无书读的痛苦，学生们特别珍惜来之不易的读书环境。学术报告会大多是场场爆满，本科生向权威提问甚至挑战是常有的事。
微尺度国家实验室的赵爱迪副教授从1996年考入近代物理系等离子体物理专业以后，一共换过3个专业方向。在本科毕业的时候，赵爱迪认为自己不适合原专业，他选择追随自己的愿望，转读单分子物理化学。9月13日，他已赴美国加州大学伯克利分校进行为期1年的研究，而这次出去研究的方向则换成纳米材料和纳米器械。这是学校的硬性规定，国家实验室的人出国必须换专业，以避免学术上的近亲繁殖。
在中国科大转专业是常事。“这是好事。我们必须会独立思考，有能力选择自己的课题方向。”赵爱迪说。2005年，博士生赵爱迪作为主要成员，与自己的导师侯建国院士一起首次实现单分子自旋态调控。这项研究位列2005年中国基础研究十大科技进展。