依据专利法，发明专利申请的审批程序包括：受理、初审、公布、实审以及授权五个阶段。实用新型或者外观设计专利申请在审批中不进行早期公布和实质审查，所以只有三个阶段。下图是专利申请的审批程序流程简图（见下页），下面对照此图对专利审批程序作一简要介绍。
1.专利申请受理阶段
本阶段的工作在上一章已作详细说明。
2.初步审查阶段
专利申请按照规定缴纳申请费的，自动进入初审阶段。发明专利申请在初审前首先要进行保密审查，需要保密的应按保密程序处理。实用新型和外观设计专利申请在初审以前还应当给申请人留出3个月主动修改申请的时间。
在初审程序中要对申请是否存在明显缺陷进行审查。主要包括审查申请内容①是否明显违反国家法律、社会公德或者妨碍公共利益；②是否明显属于不授予专利权的主题；③是否明显缺乏技术内容而不能构成技术方案；④是否明显缺乏单一性。实用新型和外观设计专利申请还要审查是否明显与已经批准的专利相同，是否明显不是一个新的技术方案或者新的设计。
初审中还要对申请文件齐备及其格式是否符合要求进行审查，例如：①审查各种文件是否采用专利局制定的统一格式，申请的撰写、表格的填写或附图的画法是否符合实施细则和审查指南规定的要求；②应当提交的证明或附件是否齐备，是否具备法律效力；③说明书、权利要求书、附图或外观设计图或照片是否符合出版要求。此外，对外国申请人的资格，及申请手续也要进行审查。不合格的，专利局将通知申请人在规定的期限内补正或者陈述意见。逾期不答复的申请将被视为撤回。经申请人答复后仍未消除缺陷的，予以驳回。发明专利申请初审合格的，将发给初审合格通知书。实用新型和外观设计专利申请经初审未发现驳回理由的，将直接进入授权程序，由于发明还有后续程序，所以初审中对申请内容的审查要相对松一点。
3.发明专利申请公布阶段
发明专利申请从发出初审合格通知书起就进入等待公布阶段。申请人请求提前公布的，则申请立即进入公布准备程序。经过格式复核、编辑校对、计算机处理、排版印刷，大约在3个月后，在专利公报上公布并出版说明书单行本。没有提前公布请求的申请，要等到申请日起满15个月才进入公布准备程序；要求优先权的申请（包括外国优先权和本国优先权），从优先权日起满15个月进入公布准备程序。申请进入公布准备程序以后，申请人要求撤回专利申请的，申请仍然会在专利公报上予以公布。
申请公布以后，申请人就获得了临时保护的权利，也就是说自申请公布之日起，申请人就可要求实施其发明的单位或者个人支付费用。申请公布以后，申请记载的内容就成为现有技术的一部分。
申请人务必注意申请在专利公报上公布时的公布号和专利申请的申请号是两个不同的系列。
申请人在专利审批过程中向专利局办理各种手续时应当采用申请号，不要使用公布号，因为专利局的所有申请文档都是按照申请号排列和管理的，提供申请号有利于快速找到要处理的申请，同时因为申请号带有校验位，万一申请人提供的号码有错时容易及早发现和处理。如果申请人提供的是公布号，专利局必须通过对照表查询才能找到要处理的申请，特别是申请人提供的公布号有错时，一般在造成后果以前很难发现。
4.发明专利申请实质审查阶段
发明专利申请公布以后，如果申请人已经办妥了实审请求手续（提出实质审查请求并已缴纳了实质审查费），申请将进入实审程序；否则应等待申请人办理实审请求手续。从申请日起满三年，申请人未提出实审请求的或者实审请求未生效的，申请即被视为撤回。
进入实审程序的申请将按照进入实审程序的先后排队等待实审。在实审中，审查员将在检索的基础上对专利申请是否具备新颖性、创造性、实用性以及专利法规定的其它实质性条件进行全面审查。经审查，认为不符合授权条件的，或者存在各种缺陷的，应当通知申请人在规定的时间内（第一次一般给4个月的期限）陈述意见或进行修改。申请人逾期答复的，申请被视为撤回。经至少一次答复或修改后，申请仍不符合要求的，予以驳回。由于实审的复杂性，审查周期一般要1年或更长时间，若从申请日起2年内尚未授权，从第3年起应当每年缴纳申请维持费，逾期不缴纳或缴纳费用不足的，申请将被视为撤回。
发明专利申请在实质审查中未发现驳回理由的，或者经申请人修改和陈述意见后消除了缺陷的，审查员将制作授权通知书，申请按规定进入授权准备阶段。
5.授权阶段
实用新型和外观设计专利申请经初步审查，发明专利申请经实质审查未发现驳回理由的，由审查员制作授权通知书，申请进入授权登记准备。经授权形式审查人员对授权文本的法律效力和完整性进行复核，对专利申请的著录项目进行校对、修改确认无误以后，专利局发出授权通知书和办理登记手续通知书。
申请人接到授权通知书和办理登记手续通知书以后，应当在2个月之内按照通知的要求办理登记手续并缴纳规定的费用。在期限内办理了登记手续并缴纳了规定费用的，专利局将授予专利权，颁发专利证书，在专利登记簿上记录，并在2个月后于专利公报上报告。专利权自专利证书颁发之日起生效。
未按规定办理登记手续的，或者逾期办理的，视为放弃取得专利的权利。