从11月12日起，北京大学、清华大学2009年自主招生申请工作正式开始。与2008年不同的是，2009年北大自主招生的降分幅度为30分以内，而清华为偏才开通道，自主招生不设最低录取线。
北京大学招生办公室公布的2009年自主招生简章指出，与2008年不同，获得自主招生资格的学生可以得到的降分优惠，从20分至30分变为降30分以内，具体降分幅度由北大自主招生专家委员会确定。和2008年一样，获得自主招生资格的学生还可以在专业录取时享受降10分的优惠政策。
2009年北大继续采用统一的笔试和面试，不分保送生和自主招生，在最后的候选人中具有保送资格的考生可以申请保送录取，其余则作为自主招生对象在高考中予以优惠录取。我省综合素质优秀、特长突出、品学兼优的高三毕业生可以在11月30日前登录北大招生网报名。笔试时间为2009年1月1日，笔试在各省份同时进行。文科的笔试科目为语文、数学、英语、历史、政治；理科为语文、数学、英语、物理、化学。面试时间是2009年1月16日至1月18日。
清华大学发布的2009年保送生与自主招生政策中规定，以前清华大学自主招生加分主要以20分和30分为主，2009年清华大学认定的自主招生一般给予30分之内的优惠。但对于某些专业领域表现出特殊潜能的考生，经专家组加试认定、报学校招生领导小组同意后，优惠幅度不受30分限制，但是享受的优惠仅在考生第一志愿报考相应专业范围内有效。
2009年，清华大学保送生与自主招生采用相同的试卷进行，试卷内容分为两部分。第一部分侧重与高中教育衔接，第二部分重点考查学生的知识面、综合解决问题的能力。考生必须参加两部分的考试，两部分分别计算成绩。清华保送生、自主招生申请时间到11月30日截止，在12月20日前，通过本科招生网公布初审结果。笔试将在元旦期间进行，笔试地点将分散在全国多数直辖市和省会城市。