物理30%内容与新教材密切相关
2009年上海秋季高考物理卷注重对学科的重点内容、基础知识和基本技能的考核，注意覆盖面，重视对学生运用所学的基础知识和基本技能进行分析问题、解决问题能力的考查。均衡各部分内容的分值分布，其中牛顿运动定律、理想气体实验定律、闭合电路欧姆定律、功和能、电磁感应等一些主要知识点在试卷中占有足够的比例。
试卷体现“二期课改”新教材的教学思想、教学理念、教学方法，把考查知识与能力、过程与方法、情感态度价值观渗透在试卷中。如有关伏打电池及电源电动势的概念，老教材虽然也有阐述，但在“二期课改”的新教材中对电源电动势概念的形成从本质上给予全新、深入的介绍，并配以“小孩乘电梯升降”的实例给予形象生动的描述，以期学生对电源电动势这一重要物理概念有一深入浅出的认识与理解，第16题本着体现新教材的意图，考查了学生对这一概念的理解和掌握程度；又如第8题，考查“牛顿创建万有引力定律”的史实，这一内容虽然在以往的教材上有相关叙述，但在“二期”课改新教材上对牛顿创建万有引力定律的过程、方法以及严密的逻辑推理的科学思想都作了详细阐述，其目的是希望学生不仅要学到万有引力定律的知识，更要了解牛顿在20年的漫长研究过程中体现出的科学精神与人文素养，体现新教材希望达到的教学目标。
试卷中与新教材课本及练习册内容有密切相关的试题占全卷近30%。
地理突出地理思维考查
试卷突出对地理思维的考查，相比往年试卷，试题的思维“含金量”更高了，全卷中简答题比重明显增加而填空题相应减少。
试卷中考查的地理思维类型更加丰富多样，包括列举、分类、说明、归纳、解释、分析、判断、比较、建议、评价等。其中列举、说明地理事物的有2小题，例如“2010年上海世博会瑞士馆的许多设计展示了瑞士的自然与人文地理特色，诠释了‘城市，让生活更美好’的世博会主题”。比较、归纳地理特征的有7小题，例如“比较1990年至2006年苏州和徐州耕地面积总体变化的共同性和差异性”、“归纳日本河流的主要特征”。分析、解释地理空间结构、联系及其地理规律的有9小题，例如“分析上海建设东海大桥风电场的有利因素和不利因素”、“解释北印度洋西南季风形成的原因”。评价地理资料、对解决地理问题提出建议的有8小题，例如对徐州、苏州两地经济发展的建议等。
这些试题的解答能够较好地反映出考生地理思维的实际水平，对加强地理原理性知识的教学也具有良好的导向作用。
综合能力测试跨越学科，关注热点
2009年上海秋季高考综合能力测试卷凸显“跨越学科，体现综合”的特点。试卷第Ⅱ卷6道大题分别以上海“两个中心”建设、文明的社会整体性、“长江论坛”、自行车、环境中的铅污染、病毒引起的传染病为主题组织试题，做到了相关学科的自然融合。如政治学科提到的“航运中心”与地理学科相关，地理学科提到的“长江口自然保护区”与生命科学学科相关，物理学科提到的“碳足迹”与化学学科相关，化学学科提到的“植物的铅含量”与生命科学学科相关，旨在考查学生综合应用所学知识分析问题的能力。
在试题题干材料的选择方面，继续保持“抓住热点，关心社会”的传统。如文科卷涉及的全球金融危机、上海居民使用自来水的两种调价方案、上海世博会场馆、“地球一小时”熄灯活动等内容，理科卷涉及的生活中的灾难逃生自救、南汇区并入浦东新区等，都是当前的热点问题，这些试题对学生“关心社会”起到了很好的导向作用。
政治考查知识迁移能力
2009年上海秋季高考政治卷强化了对考生各种能力的考查与导向，并在多方面作了有益尝试。第一次要求考生结合试题所提供的情境开放式地“谈谈自己的感受”，对“态度”、“评价”能力的考查试题分值由去年的5分增加到了9分；第一次要求考生参照试题所提供的有关概念的涵义，谈谈对另一概念的理解，考查考生知识迁移、触类旁通的能力；第一次要求考生为消费者维权设计一个“简要方案”，考查学生运用所学知识思考解决实际问题的能力；第一次要求考生较为深入地读出两幅经济统计图表中的多层次信息、两图表间的联系，加大了考查读图并提取有效信息能力的力度；第一次在论述题中要求考生紧扣论题，将教材中分布各处的相关知识加以有机整合，形成合乎逻辑的答题思路，而不是照搬教材中一个或几个现成段落，考查考生在理解基础上融会贯通的综合能力。以上对能力考查的多个“第一次”，是在往年基础上有所提升，旨在引导未来的发展取向。
历史重视情感价值观培养
作为人文教育和公民教育的一个支点，历史教育具有培养民族认同感、增强民族凝聚力的重大功能，今年历史试题凸显了历史教育的这一特点。虽然有人提出“历史学就是史料学”，虽然历史学是一门基于严格的史料考证的科学，但是史料不仅蕴含着客观的史实和知识，同时也蕴含着主观的情感态度和价值判断，在这种意义上，史料不是死的，冷冰冰的，而是活的，饱含温情的，这就意味着史料的取舍并不是价值中立的，这就要求我们在选取材料的过程中尽量实现史料的社会评判功能。因此，试题不仅着眼于考查、检验学生的知识储备，还要着眼于培养和熔铸学生正确的情感态度和价值取向。例如第31题对于儒家文化的探讨、第33题对于19世纪中叶佳士得拍卖品清单的使用、第37题对于上海会审公廨的评价，不仅考查了书本上的知识点，而且在做题的过程中也潜移默化地加深了学生对于本民族文化的理解和认同，提升了他们的爱国情操，涵养了他们的民族情怀，具有很强的现实意义。更重要的是，在这样内容的理解中，加深对中外文明交往模式的理解。
化学考查科学思维方法
2009年上海秋季高考化学卷通过对考生科学思维方法的考查，体现学生在解决问题时所经历的过程和采用方法的能力，要求考生运用科学的思维方法，对化学现象、事实进行加工处理，探究解决问题的途径。
试卷将知识综合整理，使之网络化。考生在教学活动中通过对知识积累和独立思考，将表面看似无直接联系的知识进行整理，找出其中的规律，使知识有机结合，从而提高解决问题的能力。如第28题，考生须将两条生产流程的共同点与差异点进行分析对比，与所学的有机化学知识结合起来，才能准确无误地解题。
试卷还考查考生通过分析和综合、比较和论证，选择解决问题方案的评价能力。如第21题，必须通过对相关信息的分析处理，对每个问题进行比较，最后作出相应的评价。第26题最后一问，解题时首先需计算出硫化氢气体与氧气的体积比，然后将计算结果进行分析，结合硫化氢与氧气在不同比值条件下反应产物的差异，得出结论。
生命科学强调信息处理能力培养
2009年上海秋季高考生命科学试卷强调获取信息与处理信息的能力培养，强调“三维”目标的达成。部分试题，一反过去静态呈现情境和设问的做法，将探究的路线和思路动态呈现或针对过程进行设问，开创性地实现了对过程与方法的测量。如第39、41题。同时此类题目分值较去年有所增加，以保证试卷的整体难度比去年略有提高，达到与其他学科的均衡。
试题情境新颖，测量创造性学力。为了能在试卷中对学生的创新力进行测量，试题着力选择同时具备科学性、新颖性、易读性的情境。新颖性确保试题能对学生的创新性学力进行测量，提高试卷的区分度；易读性保证题干通俗易懂，不因学生阅读能力的差异产生答题差异，从而确保测量的公平性和有效性。