眨眼时眼角疼有很多原因，具体原因如下：1、神经官能症，精神压力太大或者心理压力太大导致出现躯体感觉异常，可以进行放松锻炼或者心理咨询。2、结膜炎，可能是炎症或者细菌感染导致的结膜炎，可以点眼药水。3、过敏，比如对紫外线过敏或者对眼霜过敏，需要去正规医院查出过敏原，远离过敏原，并且进行药物抗过敏治疗。4、疲劳，熬夜过后眼睛会有干涩、疼痛的症状，好好休息，用下滴眼液即可。5、麦粒肿，早期眼角红肿、热痛，后期会形成脓肿，需要服用抗生素进行抗感染治疗。
眼部常见的几种疾病
1、麦粒肿，是睑板腺或汗腺感染引起的急性化脓性炎症病变，可表现为眼睑红肿，严重的可形成小脓包。
2、霰粒肿，是由于睑板腺堵塞出现的眼睑小结节，没有疼痛。
3、结膜炎，特点有结膜充血、异物感、分泌物增多。
4、干眼症，是由于泪液的质和量异常造成，可表现为眼干涩、眼充血、眼胀痛等。
5、角膜炎，可表现为眼痛、畏光、流泪、眼睑痉挛、视力下降等。
6、老年性白内障，是晶状体老化后出现的浑浊，可引起视力下降。
7、青光眼，是由于病理性眼压升高，导致视功能损害的疾病。
8、玻璃体浑浊，是由于玻璃体液化造成。
9、屈光不正，例如近视、远视、散光等。