出现咖啡色分泌物，如果是女性，可能是由于子宫或阴道出血在短时间之内没有及时从阴道排出，出现氧化导致颜色改变或是混合了黏液后颜色被稀释；如果是男性，多考虑是龟头炎、泌尿系统结石等疾病，具体情况如下：
1、排卵期出现：排卵期体内雌激素会一过性降低，黄体功能不足会导致少量出血，一般两、三天左右消失，是一种正常的生理现象。
2、月经刚结束出现：可能是由于子宫内膜息肉、内分泌失调，导致子宫内膜持续性出血，在阴道残留。
3、妊娠期出现：可能是由于着床、先兆流产、异位妊娠等导致的少许出血。
4、平时没有规律出现：在宫腔内放置节育环的女性，由于节育环长时间与子宫内膜摩擦的刺激引起子宫内膜的炎症反应导致内膜出血。如果伴有瘙痒、异味等症状的咖啡色分泌物，可能是宫颈糜烂、宫颈息肉、子宫内膜癌、宫颈癌等疾病，导致子宫内壁或子宫颈被破坏出血，残存在阴道。
5、龟头炎：患者可表现为局部瘙痒、疼痛、有压痛感，龟头局部有红肿、红斑等，小便会刺痛、有瘙痒感。患者除了需要保持个人卫生习惯，还需要针对感染的病原体进行抗感染治疗，如念珠菌性龟头炎常用药物为克霉唑乳膏、咪康唑乳膏等。
6、泌尿系统结石：泌尿系统结石多发生在肾、输尿管、膀胱等部位，发病多突然，剧烈疼痛、呈持续性或间接性，患者还可出现恶心、呕吐、尿频、尿急、血尿等症状。临床治疗主要是先通过多喝水、勤排尿、均衡饮食营养等调整生活方式，还可以使用药物促进排石，如非甾体类消炎药、坦索罗辛等。