糠秕孢子菌毛囊炎很难根治，在治愈后仍然有较高的复发几率，目前的治疗方式主要有药物及物理治疗两种。
糠秕孢子菌毛囊炎由马拉色菌在毛囊内大量繁殖所致，患者无法通过自行用药根治，需要至皮肤科就诊，通过足疗程、规范的治疗尽量根治。轻症者大多在医生的指导下使用外用药物治疗，常用药物包括：特比萘芬软膏，联苯苄唑等。症状较重的患者，医生还会联合口服药物及物理治疗杀灭马拉色菌，常见用药有：伊曲康唑、氟康唑等；物理治疗有：光动力治疗、紫外线照射、液氮冷冻等。
患者同时还要了解的是，本病治愈后仍有复发的可能，既往研究显示复发率超过50%。