萎缩性胃炎伴肠化的治疗主要是针对病因的治疗、缓解症状、肠化的治疗以及病人教育。
1、对因治疗：萎缩性胃炎的发生可能与幽门螺杆菌感染、十二指肠-胃反流、胃黏膜营养因子缺乏有关，需针对不同的病因进行相关的治疗。以幽门螺杆菌感染为例，常以药物治疗为主，常用药物包括枸橼酸铋钾、奥美拉唑、阿莫西林、克拉霉素等，有助于改善病情。
2、对症治疗：萎缩性胃炎伴肠化可能会出现食欲不振、恶心、反酸等症状。对于食欲不振的症状，可适当调整饮食结构；对于胃酸刺激胃黏膜引起的恶心、反酸症状，可在医生指导下应用抑酸药抑制胃酸分泌，常用药物包括西咪替丁、雷尼替丁等，能帮助缓解症状；
3、对于肠化的治疗：可适量遵医嘱应用保护胃粘膜的药物来进行治疗，如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，对于药物不能逆转的，可在胃镜下行粘膜剥离术等，并定期随访；
4、病人教育：食物要多样化，避免偏食，补充多种营养物质，不吃霉变食物，少吃熏制、腌制、富含硝酸盐和亚硝酸盐的食物，戒烟戒酒，保持良好的心态。