肺囊肿可能是先天性因素，或者是继发性因素引起的，需要根据病因对症治疗。
1、先天性肺囊肿。肺部先天发育不足或缺陷可导致肺囊肿，若患者存在反复感染，呼吸困难、咳嗽等手术指征，临床治疗主要是进行肺囊肿切除手术，避免囊肿增大出现并发症。
2、继发性肺囊肿。主要是因为肺部受到感染，或者是肺部疾病引起的，若囊肿较小，且无明显症状，一般采取保守治疗。如果是细菌、真菌感染引起的肺囊肿，伴有明显症状，临床治疗主要是抗菌药物治疗，如口服抗生素，比如青霉素、红霉素等。待疾病控制稳定后，再进行肺切除根治手术；如果是肺部疾病引起的肺囊肿，则需要先控制原发疾病，根据患者病情选择保守治疗或手术切除治疗。