乙肝HBV基因分型比血清亚型更能反映原行病毒株之间的自然异质性。根据全基因核苷酸序列比较，HBV可以分为ABCDEFGH八个基因型。
HBV基因型呈地理区域性分布，在我国HBV基因型南方以B型为主，北方以C型为主，D型仅见于西部以及少数民族地区。
HBV基因型与乙型肝炎病情的进展，临床表现，治疗预后有密切的关系。HBV基因型与病毒复制以及变异，疾病预后有关。
有报道研究显示，A型容易成为慢性持续感染，而D型在急性肝炎中较为常见，C型可能与严重肝病有关，而B型似乎与年轻人肝癌有关。HBV基因型与抗病毒疗效有关，也意味着与感染者自身的免疫状况有关。