心脏房间隔缺损危害是因人而异的，主要与房间隔缺损的大小，以及心脏功能有关系，如果房间隔缺损很少，比如房间隔缺损的面积在3毫米下，一般属于很小的房间隔缺损，多数在短时间内不会对心脏功能和结构产生明显的不良影响。
一般只要定期复查心脏彩超即可，特别是在一岁以下的新生儿人群中，随着年龄的增长，很小的房间隔缺损还有自愈的可能性，一般动态观察即可，如果没有特殊的症状，不用进行干预处理。其次，如果房间隔缺损比较大，长期不进行治疗，那么很容易引起心脏结构的损害，比如可以引起心房和心室的扩张，导致心脏功能下降，严重者可以引起心脏功能衰竭，这时就需要及时手术包括微创手术治疗。