怀孕了打了第二针新冠疫苗会怎么样，要根据具体情况进行分析。
新冠疫苗主要用于预防新冠病毒感染，刺激机体产生保护性抗体，是一种安全、有效的预防方式。一般情况下，对生殖系统的影响较小。但对于自身体质较弱，较敏感的孕妇，可能会出现身体的不适，如头晕、恶心、局部疼痛等症状。
根据卫健委发布的《新冠病毒疫苗接种禁忌和注意事项（第二版）》规定，对于打了疫苗后才发现自己怀孕的孕妇，基于对现有新冠疫苗安全性的理解，不建议仅因为接种疫苗而采取终止妊娠等措施，只要做好定期随访和孕检即可。因此，建议在孕期做好检查及随访。如果身体没有其他不适症状，孕期各项的检查正常的情况下，可以继续正常妊娠，不必过分担心。一旦有异常情况，要在医生指导下采取针对性治疗。