减肥胶囊对身体的危害主要是会导致内分泌紊乱、神经紊乱、胃肠功能紊乱，甚至有可能会引起肝肾功能损害。
1、胃肠功能紊乱。部分减肥药通过代替食物起到减肥的作用，从而导致饮食不规律，就会引起胃肠功能紊乱，出现腹痛、腹泻等症状。
2、内分泌紊乱。部分减肥胶囊含有激素，长期服用会造成内分泌失调，就会导致月经不调，甚至出现停经。
3、神经紊乱。部分减肥胶囊含有兴奋剂，这类兴奋剂会增强大脑兴奋性，导致睡眠时间减少。若长时间通过该作用来降低体重，还会导致神经紊乱，引起头痛、头晕、神经敏感等症状。
4、肝肾功能损害。大多数药物都是通过肝肾代谢的，其中也包括了减肥胶囊。如果长期服用减肥胶囊，可能会造成药物性的肝损伤。