三叉神经手术属于四级手术，其手术风险大。但三叉神经手术目前已经是一种成熟的手术方式，风险主要是指并发症，如损伤临近的颅神经，但已经能控制在较低的范围内，具体应结合患者自身病情和手术医生的经验进行判定。
三叉神经手术术区走形着多条重要神经和血管，如面神经、听神经、外展神经、基底动脉、椎动脉等，容易损伤神经或导致血管破裂，出现术后并发症的几率高，但是目前技术比较成熟，如果能在有经验的医生的操作下进行手术，其并发症的风险可能不高。
此外，手术风险还与患者自身病情有关，如患者的年龄、心肺功能、肝肾功能、胃肠道、内分泌功能等相关，若患者自身的基础状况不好，会增加手术的风险性。