腹部核磁共振检查，在临床上主要常见于两大类疾病的检查，第一大类就是上腹部，主要检查肝脏，胰腺胆道疾病。
主要包括肝脏的肿瘤，比如为了排除肝血管瘤与肝癌，通常进一步行腹部的增强核磁公正，或者是胆道系统的疾病，比如明确是否是肿瘤或者结石或者是炎症性的狭窄，通常需要做MRCP检查，另外一种就是下腹部的，主要是见于直肠。
目前在临床上对于直肠恶性肿瘤，通常需要行盆腔或者下腹部的核磁共振检查，以了解直肠肿瘤侵犯肠壁的深度，以局部淋巴结转移情况，从而更加精确的判定术前分期，必要时甚至需要行术前的新辅助化疗，以获得更加确切的根治切除。