一般正规操作的雾化没有太大的副作用，长时间雾化的副作用主要来自做雾化的药物，常见的雾化药物有糖皮质激素、支气管扩张剂、祛痰类药物。
1、糖皮质激素。长期吸入糖皮质激素类药物会刺激口腔黏膜，可能引起口咽部感染真菌，可导致声音嘶哑、鹅口疮等，长时间雾化还可能影响肝肾功能。
2、支气管扩张剂。部分患者长时间雾化后出现一定的耐药性，可出现喘息、气促、手脚抖动、心慌、胸闷等症状，甚至加重咳喘症状。
3、祛痰类药物。祛痰类药物主要是使痰液变得稀薄易于咳出，副作用不明显，但长时间雾化使整体痰液变多，患者也可能会产生恶心、呕吐的症状。