肝性脑病昏迷的原因多是因为肝功能不全、门-体分流引起，导致中枢神经系统功能失调，出现昏迷，其机制如下：
1、氨中毒：肝衰竭时，肝脏对门静脉输入NH3（非离子型氨）的代谢能力明显减退，体循环血NH3水平升高；当有门体分流存在时，肠道的NH3不经肝脏代谢而直接进体循环，血NH3增高。体循环NH3能透过血脑屏障，进而干扰脑功能，出现肝性脑病昏迷。
2、假性神经递质：肝对肠源性酪胺和苯乙胺清除发生障碍，此两种胺进入脑组织，分别形成β-羟酪胺和苯乙醇胺，但不能传递神经冲动或作用很弱，使脑细胞神经传导发生障碍，进而出现肝性脑病昏迷。
3、色氨酸：肝病时清蛋白合成降低，血中游离色氨酸增多，通过血脑屏障后在大脑中代谢为抑制性神经递质5-羟色胺及5-羟吲哚乙酸，进而导致肝性脑病昏迷。
4、锰离子：肝病时锰离子不能经胆道排出，经血液循环进入脑部，导致肝性脑病昏迷。