小气道功能障碍多数可通过一般治疗、药物治疗等措施进行治疗。
1、一般治疗：小气道功能障碍可能与长期吸烟、外部环境不良等因素有关，存在小气道功能障碍时，一般需要远离致病因素，如吸烟者需戒烟，不吸烟者应减少二手烟的吸入，工作环境多粉尘者在工作时可戴口罩防护。另外，患者应适当锻炼，提高自身免疫力。
2、药物治疗：小气道功能障碍的患者可能无症状，也可能会出现咳嗽、咳痰等症状，部分患者还可能会引发慢性阻塞性肺疾病、支气管哮喘等并发症。如果咳嗽剧烈，可在医生指导下应用右美沙芬、可待因等镇咳药；如果咳痰严重，一般可遵医嘱应用溴己新、羧甲司坦等祛痰药；对于慢性阻塞性肺疾病，常用药物包括沙丁胺醇、福莫特罗等支气管扩张剂；对于支气管哮喘，常用药物包括泼尼松、泼尼松龙等糖皮质激素类药物，以及孟鲁司特、扎鲁司特等白三烯调节剂。