儿子一尿就疼可能是下列原因导致的：
1、龟头炎：一尿就疼可能是龟头部位发生炎症，可能是由于不注意个人卫生或者包皮过长导致的，会出现红点、瘙痒、疼痛的症状。一旦出现这些症状，建议家长带孩子到医院的泌尿外科就诊，如果确诊为龟头炎，可以局部外用药膏治疗，常见的有红霉素软膏。
2、尿路感染：一般是由于逆行感染所导致的，排尿时就会出现明显的疼痛，通常会出现尿频、尿急、尿痛等症状。需要化验小便常规，如果确诊为尿路感染，可以在医生的指导下口服药物治疗，通常可以选择头孢克洛颗粒等抗生素治疗。
3、尿路结石：虽然小孩发生尿路结石的概率比较低，但也存在一定的风险。尿路结石通常和日常不良的饮食习惯等有关，需要进行泌尿系统B超检查明确病因。