高危39阳性通常是指高危HPV39阳性，即感染了人乳头瘤病毒39型，通过自行清除、药物治疗、手术治疗可以转阴，也有可能出现长期反复感染。
1.自行清除：如果身体抵抗力及免疫力良好，有可能在感染后6-18个月左右自行清除。没有症状者可以6个月到1年后复查了解HPV转阴情况。也有部分人群感染后不能自行转阴，需要进行治疗。
2.药物治疗：遵医嘱使用药物治疗有一定治疗效果，常用药物有HPV特异性治疗性抗体、干扰素、阿昔洛韦等，目前尚没有特效药百分百清除HPV。规范用药后可能转阴，治疗3个月后复查。也有部分人群不能转阴，或是转阴后又出现感染。
3.物理治疗：可以通过微波，冷冻，射频消融，激光等物理治疗消除HPV感染的组织病灶，但是不能消除所有感染的HPV，所以仍然有复发感染和发生病变的可能，并且有生育要求的女性，物理治疗可能影响宫颈机能，所以更加要慎重。
4.手术治疗：如果有尖锐湿疣或者宫颈癌前病变，经评估后可以行利普刀、宫颈锥切等手术治疗，术后定期复查是否转阴。