在临床上心理治疗是治疗性变态的主要方法，包括精神分析疗法，认识领悟疗法，行为疗法等。精神分析疗法主要是在和来访者建立好关系以后，与来访者探讨性变态的内心感受，探讨其异常性行为的潜意识的意义，一起回忆幼年经历，特别是心理发展过程，回忆并修复早年心理创伤。
而行为主义，认为大多数性变态者是行为按条件反射原理形成的，也就是通过学习获得的，那么也可以通过学习来消退，包括厌恶疗法，系统脱敏疗法，满贯治疗等等。
而认识领悟疗法主要是和患者一起来分析早年幼稚的性心理发育，找到童年所遭遇的性心理的发展创伤，包括告诉患者各种病态行为是创伤所导致的，幼稚的，不合理的想法等等，治疗效果良好。