治疗时的疼痛、红肿、脱皮、起水泡、结痂、皮肤色素沈淀，甚至是永久性疤痕的产生等，都是强脉冲光疗法可能出现的副作用。施打强脉冲光除了治疗前后的注意事项外，选择医师亦是一个重要环节，由于脉冲光是一段波长的光，不像激光具有特定的波长，因此在使用上较为复杂，参数也多，医师需有相当的经验累积才能显出脉冲光的效果。
强脉冲光的副作用
1、虽然脉冲光的输出方式较为温和，皮肤通常不会损伤，术后只有轻微的红肿、护理容易。
2、但脉冲光结合各种光波的能量总和，却比雷射强劲六到八倍，使用不当会造成伤害更大，还是会使皮肤灼伤损破留下疤痕。
强脉冲光护肤原理
1、 强脉冲光用多条谱线，共同作用皮肤深层，皮肤中的黑色素，血红蛋白，水等选择性吸收不同波长的激光，从而达到消除皮肤病变的效果。
2、强脉冲光光热和光化学作用于皮肤，对胶原和弹力蛋白产生热刺激、使胶原和弹力纤维再生、重组、修复，改善皮肤微循环和代谢过程，恢复皮肤年轻状态。
3、 特定光谱的光热作用和光化学作用，可杀灭丙酸杆菌，实现杀菌、祛痘、祛除痤疮的效果。
4、 光的选择性作用深入毛囊根部，选择性破坏毛囊内的黑色素及生发细胞，从而达到脱毛的效果。
5、 在收紧皮肤缩小毛孔的同时，可有效地调节和抑制皮脂腺，祛除黑头、白头，改善油性皮肤。