奥硝唑和甲硝唑的区别是甲硝唑属于第一代抗厌氧菌药物，奥硝唑属于第三代抗厌氧菌药物。甲硝唑在临床上引起的副作用相对较多，大约有15%-30%左右的病人应用甲硝唑都可能会引起胃肠道反应，恶心、呕吐或者头晕等。奥硝唑相对所出现的反应会较少，治疗效果也比甲硝唑更强，。所以在临床上如果是有厌氧菌感染，首选甲硝唑。甲硝唑治疗效果不好的情况下再选择奥硝唑，或者有严重厌氧菌感染的情况下才选用奥硝唑给予治疗，这是药理上的区别。
一、奥硝唑与甲硝唑区别
1、第一点，奥硝唑属于第三代硝基咪唑类药物，甲硝唑属于第一代硝基咪唑类药物。
2、第二点，奥硝唑血浆消除半衰期为14小时，因此相对甲硝唑来讲，前者一天内用药次数一般少于后者用药次数。
3、第三点，甲硝唑药品说明书明确指出，避免饮酒或者含有酒精的饮料，而奥硝唑药品说明书指出，此药物不会抑制乙醛脱氢酶。值得提及，虽然奥硝唑不影响酒精代谢，但是强烈建议，用药后不要饮酒。
二、奥硝唑的副作用
1、奥硝唑的副作用，如果口服用药，用药后可能会出现胃部的不适、口中有异味、胃痛、头痛和困倦，偶尔还会出现眩晕、颤抖、四肢麻木、痉挛、皮疹或精神错乱等副作用。
2、用药期间要尽量避免饮酒，可以引起双硫仑样反应，表现为心率加快、血压降低等，用药的前两天开始到停药后的七天内，都要避免食用含有酒精的食物、药物、饮料以及酒水，包括藿香正气水、酒心巧克力等。