怀孕三个月是不可以进行药流的，药流必须在停经49天之内进行，并且在进行药流前需要进行超声检查，明确孕囊大小是否符合要求。怀孕三个月后，胎儿的四肢以及骨骼都开始分化，胚胎的大小已经超过药流的标准，如果这时药流容易流产不全甚至导致大出血。怀孕三个月如果想终止妊娠，需要进行详细检查后确定流产方式，一般可以先服用药物杀死胚胎，并软化宫颈，促使胚胎和胎盘排出，然后需要进行清宫处理，避免残留。
药流和人工流产的区别
1、药流主要是通过服用药物，促进子宫收缩，从而使孕囊排出体外。人工流产主要是通过负压吸引将孕囊以及胚胎组织吸出。一般药物流产后阴道出血时间比较长，人工流产相对比较短，正常情况下均不会超过14天。
2、药物流产只适合于月经周期规律并且停经49天之内的女性，同时要求孕囊大小必须符合要求。人工流产则适合怀孕40~70天的女性。
3、药物流产对女性子宫损伤相对而言比较小，但失败率高，容易流产不全，患者需要进行清宫手术。人流手术的成功率比较高，但是会对子宫造成一定的损伤，如果阴道流血长时间淋漓不尽，或者出血量超过月经量，应当及时到医院进行检查。